Plusieurs éléments sont avancés :

 Les irrégularités sur la mise en œuvre des premières versions. Base élèves comme BNIE ont été mises en œuvre avant la délivrance par la CNIL du récépissé de déclaration. Toutes les données enregistrées avant la date du 27 février 2007 devront être supprimées. Le Conseil d’Etat censure également la collecte, dans la première version, de données relatives à l’affectation d’élèves en CLIS, données qui révèlent la nature de l’affection ou du handicap dont souffrent les élèves. Le recueil de données concernant la santé devra faire l’objet d’autorisations de la CNIL. Ceci ne concerne pas la version actuelle.

 La durée de conservation des données pour le BNIE : les finalités du traitement ne justifient pas les 35 ans prévus selon le Conseil d’Etat qui annule en totalité la décision ministérielle de création du fichier. Il fixe un délai de 3 mois à l’administration pour fixer une nouvelle durée de conservation, faute de quoi les données seront supprimées. Pour Base élèves la durée de 15 ans n’est pas jugée excessive.

 Le droit d’opposition : le Conseil d’Etat juge légal le droit pour chacun de s’opposer au traitement de données personnelles. Ce droit existait dans la première version de Base élèves. Le Conseil d’Etat annule les dispositions de l’arrêté du 20 octobre 2008 qui interdisent l’exercice de ce droit d’opposition.

 Concernant l’interconnexion, le Conseil d’Etat écarte la critique selon laquelle Base élèves a pour objet l’interconnexion des fichiers et aurait dû faire l’objet d’une demande spécifique. Il « sanctionne » néanmoins l’omission dans la déclaration à la CNIL, de la mention de rapprochements avec des données provenant de fichiers dont les objets sont voisins.

Le ministère de l’Education nationale a « pris acte avec satisfaction des décisions » prises par le Conseil d’Etat. Il estime que les remarques portent sur la version initiale du dispositif et que le Conseil d’Etat rappelle l’importance de Base élèves pour le fonctionnement du service public d’enseignement. Il s’engage à respecter les injonctions.

Pour le SNUipp, ces décisions confirment l’absence de garanties suffisantes en termes éthiques sur un fichier destiné à gérer la scolarité des élèves. Le SNUipp réclame la création d’un observatoire indépendant qui exercerait un réel contrôle et permettrait d’avoir un regard citoyen sur l’ensemble de fichiers concernant les élèves. Une telle décision serait un signe d’apaisement, de même que la levée des sanctions à l’encontre des directeurs d’école. A ce jour, environ 200 directeurs auraient refusé de remplir le fichier selon le CNRBE. Deux directeurs d’école en Isère se sont vus retirer leur fonction en mars dernier.

Au vu des décisions du Conseil d’Etat, le SNUipp renouvelle sa demande de levée immédiate de toute sanction.