Le SNUipp a exprimé le désaccord profond des enseignants sur ce nouveau protocole, dont certains éléments sont partagés par les sénateurs chargés de rendre un rapport sur ces nouvelles évaluations :
 un bilan, avec une correction binaire, ne permet pas d’aider les élèves.
 certains exercices ne sont pas appropriés au niveau des élèves et à la période de l’année.
 compte tenu de l’objectif (mesurer l’efficacité du système) il n’est pas utile de les faire passer à tous les élèves.
 la crainte de la publication des résultats par école, qui aurait des conséquences désastreuses.

Le ministère assure qu’il n’est pas question de publier d’autres résultats (école par école) que ce qui a été fait en 2009 et annonce des aménagements pour la session 2010 :
 2 items ne correspondant qu’à des compétences de fin de CM2 sont supprimés (plus-que-parfait et division par un décimal).
 un code supplémentaire est proposé, pour la non réponse (donc 0, 1, 9 ou A pour absent).
 l’application locale permettra un calcul pour chaque élève, prenant en compte le nombre réel d’items effectués ; elle permettra aussi la synthèse avec les différents champs en math et en français ; un repère de saut de page facilitera la saisie.
 l’application nationale permettra aux équipes de circonscription de travailler sur chaque item, et non sur des résultats agrégés comme précédemment.

En français CM2
 renforcement de la rédaction par rapport à la copie et permettant d’évaluer la capacité à construire un texte narratif.
 en orthographe, plus de poids à l’écriture ; différents niveaux de compétences pour le lexique et la syntaxe.
 en vocabulaire, des modifications importantes, avec l’ajout de compétences : rédiger une définition et utiliser le dictionnaire.

En math CM2
 en grandeurs et mesures ainsi qu’en géométrie, les items sont indépendants les uns des autres.
 les problèmes d’utilisation de données numériques sont revus.

Sur les autres points signalés, le ministère persiste : le codage binaire correspond aux objectifs de l’évaluation. Il ne permet pas d’aider l’élève, mais l’enseignant est capable de repérer ce qui pose problème ; en janvier, cela permet de mettre en place des actions de remédiation et de donner une image plus dynamique à l’entrée en 6ème, dans la mesure où des progrès ont pu être accomplis.